Podczas gdy MCU jest Mściciele: Wojna bez granic i Mściciele: Etap końcowy połączył bohaterów Marvela w dwóch największych hitach kinowych w historii, Kapitan Ameryka: Wojna domowa zrobił zupełnie odwrotnie, dzieląc zespół na dwie przeciwne frakcje. Prawie każdy Avenger obecny w MCU w tym czasie (poza Thorem i Hulk) pojawił się w filmie , ale garstka tych bohaterów była nieobecna na oryginalnym wydarzeniu komiksowym.
Oto lista osób nieobecnych w komiksowej wersji Wojna domowa , wraz z przyczynami ich braku.
Sokole Oko

W filmie Clint Barton wycofał się z walki z przestępczością, ale bez pytania odpowiedział na wezwanie Kapitana Ameryki. Jego komiksowy odpowiednik był w znacznie innym miejscu w czasie Wojna domowa. Po wydarzeniach z Dom M , w którym Scarlet Witch zmieniała rzeczywistość, a następnie przywracała ją tylko po to, by zniszczyć 90% wszystkich mutantów, wierzono, że Hawkeye został zabity. Jednak Clint został przywrócony do życia, gdy Scarlet Witch przywróciła rzeczywistość. Podczas wydarzeń wojny secesyjnej Clint mieszkał ze Szkarłatną Czarownicą.
Szkarłatna czarownica

Śledząc jej działania w Avengers: zdemontowany i Dom M Wanda cierpiała na amnezję, mieszkając w małej wiosce Transia niedaleko Góry Wundagore, gdzie, jak sądziła, spędziła całe życie ze swoją „ciotką Agathą”. Ona i Hawkeye nawiązali intymną relację, chociaż wkrótce odejdzie, aby zostać Roninem.
Wizja

Podczas wydarzeń z Avengers: zdemontowany Vision stracił kontrolę nad swoim ciałem, uwolnił cztery sfery, które stały się nowymi wersjami Ultrona, a następnie stopił się. Jego wspomnienia zostały włączone do czującej wersji zbroi Iron Lad Kanga i stały się „Jonasem”. Ta młodsza wersja Wizji była jego własną istotą, która walczyła u boku Młodych Avengers.
Ant-Man (Scott Lang)

Skutki zniszczenia Scarlet Witch w Avengers: zdemontowany i Dom M były dalekosiężne, ponieważ uważano, że zniszczenie rezydencji Avengers zabiło również Scotta Langa, znanego również jako Ant-Man. W rzeczywistości Lang został wyrwany z rezydencji przed jej zniszczeniem przez jego córkę Cassie Lang i Młodych Avengers. Zespół zabrał go w przyszłość, pozostawiając Avengersów z tamtych czasów, by myśleli, że zginął wraz z rezydencją.
Zimowy Żołnierz

Pomimo swojej centralnej roli w wersji MCU Wojna domowa, Zimowy Żołnierz w ogóle nie był obecny w komiksowym wydarzeniu. Po tym, jak pomógł Kapitanowi Ameryce odeprzeć atak terrorystyczny w Londynie, Bucky uciekł zamiast stawić czoła swojemu dawnemu mentorowi i poprosił Nicka Fury'ego o zatrudnienie. Podczas wojny Bucky pracował pod przykrywką dla Fury'ego, ale planował pomóc Kapitanowi Ameryce w ucieczce po tym, jak jego kapitulacja zakończyła wojnę secesyjną. Jednak Kapitan Ameryka został zamordowany, a Bucky ukradł tarczę Capa Tony'emu Starkowi i przejął płaszcz Kapitana Ameryki.
Nie tylko obsada bohaterów filmu i wydarzenia komiksowego była inna, ale wydarzenia, które miały miejsce przed i po obu wojnach domowych, są również drastycznie różne. W komiksie działania Scarlet Witch spowodowały nieobecność siebie i trzech innych bohaterów, których obecność mogła zmienić wynik wydarzenia. W filmie Scarlet Witch dopiero poznaje zakres swoich mocy i załamuje się dopiero długo po wydarzeniach z Wojna domowa . Ponadto w filmie wszyscy ci bohaterowie, poza Visionem, walczyli po stronie Kapitana Ameryki. Nie można tego wiedzieć na pewno, ale może to być powód, dla którego czapka MCU nie spotkała się z przedwczesnym końcem pod koniec wydarzenia, jak jego odpowiednik w komiksie.