UWAGA: Poniższy artykuł zawiera spoilery dotyczące Dni minęły .
Po około 40 godzinach rozgrywki, aby ukończyć główną historię, wielu graczy odłoży kontrolery na bok i odejdzie Dni minęły na dobre . Inni uruchomią zupełnie nowy plik zapisu. Jednak ci, którzy będą kontynuować grę po rzucie kredytów, zostaną nagrodzeni sekretnym zakończeniem, które ma ogromne konsekwencje.
Po zakończeniu ostatniej misji i zniszczeniu Wyspy Czarodziejów, mapa otwartego świata gry jest nadal dostępna do wędrowania. Stamtąd gracze mogą ukończyć wszystkie pozostałe cele poboczne, takie jak hordy świrusów lub ośrodki badawcze NERO. Po chwili gracz otrzyma wiadomość radiową od badacza NERO Jamesa O'Briana, który poprosi gracza o spotkanie z nim.
Kiedy protagonista Deacon St. John spotyka O'Briana na starym cmentarzu, sprawy stają się szalone. W prologu gracz spotyka O'Briana, który ma na sobie kombinezon ochronny i hełm z przezroczystym ekranem. Tutaj widać jego twarz. Jednak przez resztę gry maska O'Briana jest zabarwiona, co oznacza, że Deek nie widzi jego twarzy.
Powód tego ujawnia się dopiero w przerywniku filmowym tajnego zakończenia: O'Brian jest zarażony. W końcu zdejmuje maskę, aby odsłonić upiorne, naczyniowe oblicze, powodując, że Deacon wzdryga się. O'Brian wyjaśnia, że wirus, który stworzył Świrusów, szybko ewoluuje i jest teraz na etapie, w którym może zaatakować układ limfatyczny (co pomaga chronić organizm przed chorobami i infekcjami) niezainfekowanych ludzi. Ujawnia również, że przełożeni w NERO wiedzieli o tym od jakiegoś czasu i ostrzega Deacona, że nadchodzą. O'Brian odchodzi, wskakując do powietrznego helikoptera z nieludzką siłą i zwinnością.
Ta scena przerywnikowa pokazuje, że ten nowy szczep wirusa tworzy zupełnie nową formę Świrusa, która zachowuje funkcje poznawcze człowieka, ale ma siłę, szybkość i agresję stworzeń, z którymi Deacon walczy przez cały czas Dni minęły . W rzeczywistości, w kilku momentach tej sceny, ciało O'Briana robi pozornie mimowolne szarpnięcia, a on nawet robi kilka kroków w kierunku Deeka, zanim przeprosi. Chociaż nigdy nie zostało to wyraźnie stwierdzone, wydaje się, że O'Brian opiera się biologicznemu popędowi ataku wywołanemu przez wirusa.
Najwyraźniej ta scena miała pozostawić otwarte drzwi na jakiś czas Dni minęły sequel , coś, co teraz wygląda na to, że nigdy się nie wydarzy. Zamiast optymistycznego zakończenia Deeka jadącego na zachód słońca z Sarą, ten zwrot zakończył grę w mroczniejszym, groźniejszym tonie. Nowa forma Świrusa wprowadzona przez O'Briana byłaby groźnym wrogiem w drugiej grze, co z pewnością byłoby zgodne z wysiłkami Deacona, aby odkryć prawdę o powiązaniu NERO z wirusem.
Warto zauważyć, że chociaż NERO wyróżnia się w Dni minęły Deacon nigdy z nimi nie walczy. W misjach, w których występują, Deek może tylko przemykać wokół żołnierzy i badaczy, ponieważ gra jasno pokazuje, że ich kombinezony są zbyt ufortyfikowane, aby mógł przeciąć lub przestrzelić. Kontynuacja prawdopodobnie uczyniłaby NERO głównym antagonistą, a Deacon i spółka musieliby stawić im czoła. Jednak w obecnej sytuacji jest to historia, która pozostanie nieopowiedziana.
