Ataki Atlantydy był głównym crossoverem Marvela w 1989 roku, w którym armie Atlantydy walczyły ze światem powierzchniowym w tajnym planie sprowadzenia jednego z najniebezpieczniejszych zagrożeń Marvela na Ziemię-616. I chociaż dzień został uratowany w podstawowej rzeczywistości, istnieje świat, w którym fabuła obróciła się przeciwko bohaterom – a każdy bohater zginął w następnej bitwie.
W Ataki Atlantydy , Gahur (jeden z Deviantów) był w stanie stworzyć nowe ciało i próbował wezwać niszczycielskiego boga Seta do rdzenia Wszechświata Marvela. Współpracując z Llyrą (królową Lemurii) i Attumą (ówczesnym królem Atlantydy), prowadził wojnę przeciwko ludzkości po części jako ostateczne odwrócenie uwagi od innych jego celów: między innymi zgromadzenia potężnego mistycznego artefaktu znanego jako Wężowa Korona, chwytając Seta. Siedem narzeczonych (Jean Grey, Dagger, Storm, She-Hulk, Scarlet Witch, Andromeda i Niewidzialna Kobieta), aby mogły zapłodnić dzieci Seta, a nawet poświęcić znaczną część Atlantydy. Bohaterowie odnieśli niewiele zwycięstw przeciwko Gahurowi, a jedno z nielicznych faktycznie trafiło z rąk Punishera i Księżycowego Rycerza – którzy zapobiegli rozprzestrzenianiu się narkotyku, który zmieniał ludzi w potulnych wężowych ludzi.
Ghaur jest ostatecznie w stanie wezwać Seta na Ziemię, ale Thor, Doktor Strange, Quasar i Stwór są w stanie stawić czoła bestii i trzymać go na dystans, gdy inni bohaterowie ratują Panny Młode. Dzień zostaje zapisany, a Set nie może dotrzeć na Ziemię. Ale tak nie było w jednej z najbardziej tragicznych rzeczywistości Marvela – co zostało ujawnione w Co jeśli? #25 Jima Valentino, Rika Levinsa, Ralpha Cabrery i Brada K. Joyce'a. W tej rzeczywistości kluczem do porażki była przedwczesna śmierć Namora, niepowodzenie Punishera i Moon Knighta w powstrzymaniu rozprzestrzeniania się narkotyku i ostatecznie odmowa Atuma wzmocnienia Thora. Walka z Setem szybko się rozpada bez wzmocnienia mocy Thora — pozwalając Quasarowi zostać wystrzelonym w głębiny mrocznego wymiaru Seta, a mroczny bóg pochłonie TWÓR.
Zwracając całą uwagę na Doktora Strange'a, Set przytłacza i niszczy Sorceror Supreme. Set wkrótce wdziera się na Ziemię i zmusza Avengersów do odwrotu – natychmiast zabijając Bestię, Osę, Hanka Pyma, Gahura i Lllyrę. Pozostali członkowie Avengers i Fantastyczna Czwórka próbują szturmować Lemurię, ale Set wykorzystuje okazję, by zniszczyć miasto – - zabicie prawie wszystkich obecnych bohaterów oprócz Thora. Oblubienice pozostają w jego posiadaniu, które są w pełni pod jego kontrolą. Set wkrótce zwraca całą swoją uwagę na Ziemię, której zapas wody jest zatruty, więc może się odwrócić wszystko ludzkości w lojalnych ludzi-węży dla jego rządów. Thor jest w stanie zebrać ostatnich bohaterów i złoczyńców, którzy dzięki swoim mocom są odporni na działanie narkotyku - Wolverine, Sabertooth, Hulk, Doctor Doom, Phoenix, Cloak i Aquarian.
Grupa wyrusza w desperacką ostatnią misję, mając nadzieję przynajmniej doprowadzić do końca Seta i zapobiec narodzinom jego dzieci, które mogą następnie doprowadzić do zguby innych rzeczywistości w całym wieloświecie. Podczas gdy większość bohaterów ściga się do Nowego Jorku, Thor – wraz z Phoenixem, Doktorem Doomem i ostatecznie powracającym Quasarem i Srebrnym Surferem – staje twarzą w twarz z Setem. Każdy z nich po kolei upada, dopóki Quasar - używając Oka Agammoto Doktora Strange'a - jest w stanie uwięzić siebie i Seta w kieszonkowym wymiarze. W końcu udaje im się pokonać i powstrzymać stworzenie, aczkolwiek wielkim kosztem. Jednak zespół naziemny odnosi znacznie mniejsze sukcesy w swojej misji. Chociaż szybko rozprawiają się ze skorumpowanym Spider-Manem, Daredevilem, X-Men i New Mutants, przybycie Brides odwraca bitwę.
Storm używa światła, aby zredukować Sabertooth do szkieletu, podczas gdy Scarlet Witch zamienia Wolverine w antymaterię, aby użyć jej jako ludzkiej bomby przeciwko Aquarianowi. Sztylet, Burza i Szkarłatna Wiedźma przytłaczają Płaszcz i niszczą go, podczas gdy Szkarłatna Wiedźma zmusza Hulka do powrotu do (o wiele bardziej śmiertelnego) Bruce'a Bannera. Teraz posłuszna ludzkość – cała przemieniona w ludzi-węży – może tylko czekać, aż Oblubienice w końcu urodzą synów Seta – którzy z kolei zjadają swoje matki i resztę ludzkości, zanim wyruszą przez wieloświat, by podbić inne rzeczywistości. Jest to jedna z najmroczniejszych rzeczywistości Marvela, z brutalnymi śmierciami każdego bohatera Marvela na stronie, co prowadzi do nowego i potwornego, wielostronnego zagrożenia. Jest to z pewnością jedna z najbardziej ponurych historii Marvela i przypomnienie, jak blisko bohaterowie mogą być zawsze do pokonania.
