W ostatnich dniach republiki Gwiezdne Wojny Wszechświatowi zadano potężny cios jasnej stronie Mocy. Jednym szybkim rozkazem Imperator Palpatine aktywował Rozkaz 66. Protokół został wszczepiony za pomocą chipa każdemu żołnierzowi w armii klonów, a po aktywacji zmusił żołnierzy do egzekucji wszystkich Jedi w ich pobliżu. Wielka Czystka Jedi położyła kres ogromnej liczbie Jedi i wraz z ich śmiercią zakończyła wszelkie misje i tajemnice, które pozostały do ukończenia.
Ze wszystkich Jedi, którzy padli tego pamiętnego dnia, żaden nie wydawał się tak brutalny, jak śmierć Aayli Secury na tętniącej życiem planecie Felucia. Gwiezdne Wojny Epizod III: Zemsta Sithów pokazuje, jak młoda Twi'lek została zastrzelona przez jej batalion klonów. Niestety, kiedy upadła, została rozproszona przez ptaka i nie była w stanie zareagować. Jednak strzał utrzymuje się jeszcze przez kilka sekund i pokazuje klony nadal strzelające w jej bezwładne ciało. Wiele pytań pojawiło się w związku z jej straszną śmiercią, gdy fani próbowali dowiedzieć się, dlaczego klony wydawały się tak zimnokrwiste wobec niej.
Podobnie jak jej mistrz, Quinlan Vos, Secura postanowiła kroczyć własną ścieżką, słuchając Zakonu Jedi. Zostało to pokazane w jej doborze ubrań i sposobie, w jaki dzierżyła swój miecz świetlny z odwróconym uchwytem. Secura bardzo troszczyła się o swojego pana, który był wyjątkowo silny w Mocy. Wielu teoretyków uważa, że była również niezwykle potężna w Mocy. Jeśli tak było, powodem, dla którego klony ją zestrzeliły, mogło być zapewnienie, że nie wstanie, aby zadać ogromne obrażenia swoimi umiejętnościami.
Większość przygód Secury nie pokazuje, jak używała ogromnej siły w Mocy podczas Wojen Klonów. Mimo to jest całkiem możliwe, że jej zdolności jeszcze się w pełni nie zamanifestowały. Alternatywnie, jej siła mogła być skierowana poprzez jej umiejętności bojowe, które wykorzystywały walkę mieczem świetlnym Form IV i Form V oraz zawierały mnóstwo akrobacji i ofensywnych ruchów z dużą prędkością.
Kolejna teoria, która została przedstawiona, była mocno związana z relacjami Secury z jej batalionem klonów. Ze względu na wiele lat spędzonych przez Jedi ze swoimi żołnierzami-klonami, między tymi dwiema grupami powstało wiele więzi. Niektóre z najlepszych przykładów to kapitan Rex i Ahsoka Tano lub komandor Cody i Obi-Wan Kenobi. Z tą logiką klony mogły nieustannie strzelać do Secury, ponieważ pamiętały historię, którą z nią dzieliły i chciały upewnić się, że jej śmierć była szybka i bezbolesna. Jeśli to prawda, oznaczałoby to, że ich ostateczny akt jako żołnierzy-klonów byłby jednym z najbardziej miłosiernych podczas Czystki.
Aayla Secura była jednym z najbardziej współczujących Jedi w zakonie. Z tego powodu jej brutalny koniec został uznany za jeden z najbardziej brutalnych w Wielkiej Czystce Jedi. Śmierć Secury reprezentuje również szybkie i chirurgiczne zniszczenie, które Imperator postanowił osiągnąć. Zabicie Jedi, a nawet Anakina Skywalkera, zajmuje dużo czasu Mroczne widmo nie wierzyli, że można ich wszystkich pokonać. Jednak Imperator udowodnił mu, że się myli, unicestwiając prawie każdego z nich za jednym zamachem.
Śmierć prawie każdego Jedi nadeszła szybko i gwałtownie. Podczas wydarzenia, jednymi z ostatnich uczuć, jakie odczuwali pozostali przy życiu użytkownicy Mocy, były zdrada i ból. Nawet śmierć Secury dotarła do Yody, który był wówczas na zupełnie innej planecie. Dokładny powód, dla którego klony tyle razy strzelały do Secury, pozostaje tajemnicą. Niemniej jednak ta tajemnica pozwoliła fanom spotkać się po raz kolejny, aby spekulować na temat wielu innych tajemnic uniwersum Gwiezdnych Wojen.
